Im hohen Mittelalter, unter dem Druck der wachsenden Bevölkerung, wurden überall solche siedlungsarmen oder -leeren Räume durch Landesausbau, die sog. innere Kolonisation, erschlossen. So wurde auch diese Bruchlandschaft von Menschen aus der Krummhörner Marsch sowie der Norder und Auricher Geest urbar gemacht. Im 11./12. Jahrhundert entstanden hier auf dem Rand und den Ausläufern der Geest neue Siedlungen mit ersten Kirchbauten. Das Ergebnis dieses Vorgangs waren die Reihendörfer mit ihren Upstrecken.

Der Höhepunkt der Entwicklung wurde im 13. Jahrhundert erreicht. Die großen Kirchenneubauten dieser Zeit legen Zeugnis von dem Reichtum dieses Neulandes ab. Am stärksten kommt die neue Macht jedoch in einer politischen Neubildung zum Ausdruck. In der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts verselbständigte sich das Brookmerland als autonome Landesgemeinde. Es gliederte sich zunächst in drei Mittelbezirke mit jeweils zwei Hauptkirchen: Marienhafe und Engerhafe, Wiegboldsbur und Burhafe (heute Einzelhöfe in der Victorburer-Marsch), Bedekaspel und Südwolde (Blaukirchen). Mitte des 13. Jahrhunderts trennte der Bischof von Münster dieses Brookmerland von den Dekanaten Uttum und Hinte und erhob es auch kirchlich zu einem eigenen Sprengel. Außerdem errichtete der Bischof zu Fehn-husen im Kirchspiel Engehafe eine Burg, die später sog. Oldeborg. Sie hat weniger der Gemeindefreiheit Gewalt angetan, als vielmehr der Landeseinheit Schutz geboten. Das übrige Kolonisationsgebiet mit Barstede, Bangstede, Ochtelbur, Riepe, Simonswolde und dem Zisterzienserkloster Ihlow verblieb dagegen beim Auricherland. Eine wesentliche Veränderung erfuhr dieser Zustand dann jedoch in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts, als sich Brookmer und Auricherland zusammenschlossen. Fortan gliederte sich dieses erweiterte Brookmerland in vier Mittelbezirke mit den Hauptkirchen Marienhafe, Engerhafe, Victorbur und Aurich als Mittelpunkten. Das Schwergewicht lag deutlich auf der Verkehrsachse Aurich - Norden; demgegenüber verlor der Süden an Bedeutung. Die politische und richterliche Gewalt lag in Händen bäuerlicher Jahresbeamter, den Redjeven, d. h. Konsuln Ratgebern. Das Gesetz ihres Handelns stellte der Brookmerbrief dar, der gegen Ende des 13. Jahrhunderts abgefasst worden war; ihre Amtsführung wurde kontrolliert.

Um die Mitte des 14. Jahrhunderts war wie für die anderen Frieslande ebenso für das Brookmerland (und Auricherland) die Zeit der freien Landgemeinde vorbei; die Selbstverwaltung funktionierte nicht mehr. Die Landeseinheit blieb jedoch - im Unterschied zum Emsigerland etwa - erhalten, da das Verbot des Brookmerbriefes, sich feste Steinhäuser und Burgen zu bauen, solche Ansatzpunkte lokaler Herrschaften verhindert hat.

So wurde hier ein Angehöriger der aus Norden stammenden Kenisna, die ebenso wie etwa die Cirksena aus Berum im Brookmerland besitzend waren, erblicher Landeshäuptling, und nahm den Namen 'tom Brook' an, nach der Burg Brooke, die er sich neben der nunmehr alten bischöflichen Burg neu erbauen ließ. Eine weitere Burg erbauten sich die tom Brook dann in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts in Aurich.

Die tom Brook haben zunächst mit Erfolg versucht, eine Landesherrschaft über die Frieslande diesseits und jenseits der Ems auszubilden, sie scheiterten jedoch zuletzt am Widerstand ihrer Gegner, die dem letzten männlichen Sproß der tom Brook unter Führung von Focko Ukena auf den 'Wilden Äckern' zwischen Fehnhusen und Upgant 1427 eine vernichtende Niederlage beibrachten. Aber auch die Ukena, die von Aurich aus das Brookmerland beherrschten, konnten sich nicht gegen die wiederauflebende Gemeindefreiheit behaupten. Die Cirksena gewannen 1433 an der Spitze dieser neuen Freiheitsbewegung die Oberhand. Sie mussten jedoch nun in ihrer Herrschaftsführung Rücksicht auf Gemeindefreiheit und Landrecht walten lassen; denn die Landesgemeinden hatten sich neu konstituiert. So gab es wieder ein Brookmerland, ein Auricherland und im Südwesten des Auricherlandes, dem Kolonisationsgebiet, sogar ein eigenes Süderland (Bangstede, Ochtelbur, Riepe und Simonswolde), das jedoch ebenso wie das Kloster Ihlow die Verbindung mit dem Mutterland nicht ganz aufgegeben hat. Dagegen blieb der Südteil des alten Brookmerlandes in der Bedeutungslosigkeit stecken. Dieser Verlust, der schon Ende des 13. Jahrhunderts deutlich geworden war, ist auf eine zunehmende Verschlechterung und Einschränkung der landwirtschaftlichen Nutzflächen in diesem Raum zurückzuführen, die die Anfangserfolge der Kolonisten wieder rückgängig machte. Die Ursachen dafür sind darin zu sehen, dass im späten Mittelalter die Leybucht tief ins Land eindrang, der Grundwasserspiegel anstieg und die Entwässerungsprobleme nicht bewältigt werden konnten: Die Niederungsflächen gerieten zunehmend unter Wasser. Das Große Meer hat sich erst im späten Mittelalter und der frühen Neuzeit hier so breit gemacht. In der Folge mussten Siedlungen aufgegeben werden (Burhafe, Süd-wolde). Die alten Verbindungswege mit dem Emsigerland konnten kaum noch oder gar nicht mehr benutzt werden.

Die neuen Gemeinden erlangten freilich nicht wieder jene Autonomie, die Ihnen im hohen Mittelalter eigen gewesen war. Die Cirksena und die ihnen befreundeten Häuptlinge behielten die Führung in der Hand und wussten sie schon bald zu neuer Herrschaft auszubauen. So waren die Cirksena um 1440 von Richtern und Vormündern zu Häuptlingen des Brookmerlandes wie des Auricherlandes geworden und hatten hier nach dem Zwischenspiel der Ukena schließlich die Erbfolge der tom Brook angetreten. Nachdem es ihnen 1464 gelungen war, ihren ostfriesischen Herrschaftsbereich durch den Kaiser zur Reichsgrafenschaft erheben zu lassen, machten sie die von ihren Burgen beherrschten Bereiche zu Ämtern: das Brookmerland gehörte wie das Auricherland fortan zum Amt Aurich und zerfiel in die Nordbrookmer Vogtei mit Osteel, Marienhafe und Siegelsum und die Südbrookmer Vogtei mit den Kirchspielen Engerhafe; Victorbur, Wiegboldsbur, Bedekaspel und Forlitz-Blaukirchen.